O Museu de História Natural de Valparaíso foi criado pelo educador Eduardo de la Barra em 1878, em duas salas do Liceu Masculino de Valparaíso, o que permitiu o desenvolvimento do segundo museu mais antigo do Chile e o primeiro da região. Já em 1879, o MHNV contava com uma biblioteca científica que contava com 300 volumes de obras clássicas, ciências naturais e antropologia, à qual se somava um interessante acervo de espécies de flora e fauna coletadas ou doadas pela sociedade portenha.

Em 15 de novembro de 1988 e depois de percorrer diversos locais, o MHNV foi reaberto no Palácio de Lyon, obra do arquiteto e construtor Carlos Von Moltke e declarado Monumento Histórico em 1979.